Avoir un fichier sitemap.xml contenant les adresses de son site est très intéressant.
HPSAM à mis en place un plugin générant un sitemap de GuppY automatiquement, mais on peut aussi le créer à la main.
Si votre sitemap contient les adresses réelles php de votre site attention. Google ou autre moteur aura 2 adresses avec un contenu équivalent, l'adresse originelle et l'adresse réecrite.
Il est essentiel que ce soit les URL "rewrité" qui y soient mentionnées, car google calcule les statistiques d'une page en les identifiants grâce à leur URL, donc si plusieurs URL mènent à un même contenu, on risque au mieux, de diviser son référencement, au pire d'être accusé de "duplicate content".

Dans ce cas il est préférable, soit de refaire son sitemap.xml à la main avec les bonnes adresses soit de le supprimer.